A Serra Acima foi fundada em 1999 com o objetivo de articular a implantação da Casa-Abrigo “Trilhas da Infância, a qual administra desde 2003. Essa entidade atende a crianças e adolescentes menores de 18 anos em situação de risco, encaminhados pelo Poder Judiciário ou pelo Conselho Tutelar.

    A ampliação do escopo de atuação da Serra Acima foi construída em 2004, a partir de um processo de diagnóstico e mobilização, por meio de um curso modular em agricultura, cultura e meio ambiente junto a  jovens, com o objetivo de envolver a comunidade na preparação de uma proposta de atuação na região da bacia do rio Paraibuna, área de entorno do Parque Estadual da Serra do Mar.
Esse processo foi  financiado com recursos de apoio institucional da Associação Mico Leão Dourado (Crytical Ecosystem Partnership Fund/Aliança para a Conservação da Mata Atlântica) e Global Greengrants Fund (EUA).

    Em 2005, apesar de o projeto ficar sem financiamento, os jovens que participaram do curso e alguns técnicos voluntários continuaram, de forma pontual, o apoio às associações e desenvolvimento de iniciativas tais como produção agroecológica de hortaliças, cogumelo shiitake e coleta de sementes florestais nativas.
Em 2006, iniciou-se a retomada e a qualificação desta atuação junto às comunidades e jovens, por meio do Projeto Viver na Mata Atlântica (PDA do Ministério do Meio Ambiente), apoiado também pelo Projeto Mata Ciliar da Secretaria do Meio Ambiente do Estado de São Paulo.